从安装到分子动力学模拟的完整指南
本教程将指导您完成CHARMM的安装、配置和基本使用。CHARMM是一个功能强大的分子动力学模拟软件,特别适合生物分子系统的模拟研究。
wget https://www.charmm.org/charmm/download/current/charmm.tar.gz
tar -xzf charmm.tar.gz
cd charmm
./configure --with-mpi
make -j4
make install
注意:编译过程可能需要较长时间,请确保系统有足够的资源。
创建一个简单的CHARMM输入脚本,例如模拟一个蛋白质系统:
* 蛋白质模拟示例
*
read psf card name protein.psf
read coor card name protein.pdb
! 设置参数
param param19.prm
! 能量最小化
mini sd nstep 1000
! 分子动力学模拟
dynamics verlet nstep 10000 timestep 0.002 -
nprint 100 iprfrq 1000
charmm < input.inp > output.log
使用CHARMM的分析工具处理模拟结果:
! 分析RMSD
coor rms
! 分析二级结构
dssp
! 输出轨迹
write traj name traj.dcd
学习如何创建和修改CHARMM力场参数:
! 读取力场参数
read param card name custom.prm
! 修改参数
param set atom type CT1 CT2 -
mass 12.0 charge 0.0
使用CHARMM的高级分析功能: